Di babak kedua, para pemain tim Garuda masih bermain penuh semangat untuk menambah gol, kali ini dengan permainan yang lebih tenang dan rapi. Alhasil, tak begitu lama, beberapa gol tambahan pun berhasil dibuat oleh para pemain Indonesia.
Gol ketiga dicetak oleh kapten tim Fachruddin di menit ke-54, memanfaatkan bola muntah di kotak penalti Nepal yang berhasil dicocornya dengan baik masuk ke gawang. Selang satu menit saja, giliran Saddil Ramdani akhirnya menyumbangkan gol keempat bagi Indonesia, memanfaatkan kacaunya pertahanan lawan.
Skor 4-0 seolah belum cukup bagi para pemain Indonesia yang memang tampak berusaha meraih kemenangan maksimal. Dengan tekanan yang nyaris tak kendor sedikit pun, sejumlah peluang lagi kemudian sempat diciptakan di sepanjang babak kedua ini, kendati nyatanya tidak mudah juga untuk menambah pundi-pundi gol.
Gol kelima akhirnya diraih Indonesia di menit ke-80, lewat kaki Elkan Baggot yang sebelumnya sudah sempat mendapat peluang lewat sundulan. Kali ini, setelah mendapatkan sodoran bola, Elkan dengan tenang melakukan placing ke sudut sempit gawang Nepal. Lantas, lagi-lagi hanya berselang semenit, Witan mencetak gol keduanya yang sekaligus menjadi gol keenam Indonesia di pertandingan ini.